La revisión por pares externos de la prueba de RT-PCR para la detección de SARS-CoV-2 revela 10 deficiencias científicas esenciales a nivel molecular y metodológico: Consecuencias de los resultados falsos positivos.

Estimado lector, hoy comenzaremos con una cita del Prof. Albert Einstein, (de una transmisión de radio para United Jewish Appeal, 11 de abril de 1943):

"La búsqueda de la verdad y el conocimiento es una de las cosas más hermosas de las que una persona es capaz, incluso si el orgullo de esta búsqueda está principalmente en los labios de aquellos que están menos ocupados con tales búsquedas".

El mundo ha estado con el por casi un año Pandemia de corona empleado. Se han tomado muchas medidas para controlar la situación. En el equipo de DTT Science-Tank nunca hemos abordado el tema de la pandemia de corona. La razón es muy sencilla. Para formarse una opinión científica sobre un tema, se necesita una disputa sana y respetuosa, especialmente en ciencia. Los buenos científicos siempre lo han hecho. Si observa la historia de la física cuántica y las diversas disputas legendarias entre científicos, aprenderá cómo funciona la ciencia. Lamentablemente tuvo lugar en el presente Crisis corona Apenas cansado de una disputa adecuada, hasta ahora.

Huelga decir que la base de varias medidas de los gobiernos es la Pruebas de PCR representar.

El trabajo publicado a principios de 2019: Detección del nuevo coronavirus de 2019 (2019-nCoV) mediante RT-PCR en tiempo real - que se encuentra aquí (https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045)

autores:

Victor M Corman, Olfert Landt, Marco Kaiser, Richard Molenkamp4, Adam Meijer, Daniel KW Chu6, Tobias Bleicker1, Sebastian Brünink, Julia Schneider, Marie Luisa Schmidt1, Daphne GJC Mulders4, Bart L Haagmans, Bas van der Veer, Sharon van den Brink , Lisa Wijsman, Gabriel Goderski, Jean-Louis Romette, Joanna Ellis, Maria Zambon, Malik Peiris, Herman Goossens, Chantal Reusken, Marion PG Koopmans, Christian Drosten   

es conocida. Fue y quizás todavía se considera el principal detonante para la implementación de Pruebas de PCR.

Sin entrar en los detalles del trabajo, nos gustaría entrar en uno. Reporte de revisión Para llamar la atención:

Fuente de la imagen: Pixabay

La revisión por pares externos de la prueba RTPCR para detectar el SARS-CoV-2 revela 10 fallas científicas importantes a nivel molecular y metodológico: consecuencias de los resultados falsos positivos - que se encuentra aquí (https://cormandrostenreview.com/report/)      

autores:

Pieter Borger, Bobby Rajesh Malhotra, Michael Yeadon, Clare Crai, Kevin McKernan, Klaus Steger, Paul McSheehy, Lidiya Angelova, Fabio Franchi, Thomas Binder, Henrik Ullrich, Makoto Ohashi, Stefano Scoglio, Marjolein Doesburg-van Kleffens, Dorothea Gilbert, Rainer Klement, Ruth Schruefer, Berber W Pieksma, Jan Bonte, Bruno H Dalle Carbonare, Kevin P Corbett, Ulrike Kämmerer             

      
El artículo es una traducción al alemán de los puntos esenciales de la revisión: Fuente (https://cormandrostenreview.com/report/):

La revisión por pares externos de la prueba de RT-PCR para la detección de SARS-CoV-2 revela 10 deficiencias científicas esenciales a nivel molecular y metodológico: Consecuencias de los resultados falsos positivos.

En la publicación titulada "Detección del nuevo coronavirus de 2019 (2019-nCoV) mediante RT-PCR en tiempo real"(Eurosurveillance 25 (8) 2020) los autores proporcionan un flujo de trabajo de diagnóstico y un protocolo RT-qPCR para la detección y el diagnóstico de 2019-nCoV (ahora conocido como SARS-CoV2) que, según afirman, está validado y proporciona una sólida metodología de diagnóstico para su uso en laboratorios de salud pública. En vista de las consecuencias de esta publicación para las sociedades de todo el mundo, un grupo de investigadores independientes llevó a cabo una revisión punto por punto de la publicación anterior en la que

1) todos los componentes del diseño de prueba presentado se han verificado de forma cruzada,

2) el Recomendaciones del protocolo RT-qPCR han sido evaluados por buenas prácticas de laboratorio

y

3) los parámetros han sido examinados utilizando la literatura científica relevante en el campo.

Que publicó Protocolo RT-qPCR para la detección y el diagnóstico de 2019-nCoV y el manuscrito tiene numerosos errores técnicos y científicos, incluido un diseño de imprimación inadecuado, uno problemático e inadecuado Protocolo RT-qPCR y la falta de un exacto Validación de prueba. Ni la prueba presentada ni el manuscrito en sí cumplen los requisitos para una publicación científica aceptable. Además, no se mencionan serios conflictos de intereses de los autores. Finalmente, el muy corto período de tiempo entre el envío y la aceptación de la publicación (24 horas) sugiere que una Proceso de revisión por pares o no se realizó aquí o es de mala calidad. Brindamos evidencia convincente de varias deficiencias científicas, Defectos y defectos.

En vista de las deficiencias científicas y metodológicas aquí presentadas, confiamos en que la redacción de Eurovigilancia no tiene más remedio que publicar retirarse.

CATÁLOGO RESUMEN DE DEFECTOS ENCONTRADOS EN EL DOCUMENTO

El Papel Corman-Drosten contiene los siguientes errores específicos:

1. No existe una razón específica para usar estas concentraciones extremadamente altas de cebadores en este protocolo. Las concentraciones descritas conducen a un aumento de la unión inespecífica y amplificaciones del producto de PCR, lo que hace que la prueba no sea adecuada como herramienta de diagnóstico específica para la detección del virus SARS-CoV-2.

2. Seis posiciones inestables no especificadas dan como resultado una enorme variabilidad en las implementaciones de laboratorio reales de esta prueba; la descripción confusa e inespecífica del artículo de Corman-Drosten no es adecuada como protocolo de trabajo estándar, lo que hace que la prueba no sea adecuada como herramienta de diagnóstico específica para identificar el virus SARS-CoV-2.

3. La prueba no puede distinguir entre el virus completo y los fragmentos virales. Por lo tanto, la prueba no puede utilizarse como herramienta de diagnóstico para virus intactos (infecciosos), lo que significa que la prueba no es adecuada como herramienta de diagnóstico específica para identificar el virus SARS-CoV-2 y permite extraer conclusiones sobre la presencia de un virus. infección.

4. Una diferencia de 10 ° C en relación con la temperatura de apareamiento Tm para el par de cebadores 1 (RdRp_SARSr_F y RdRp_SARSr_R) también hace que la prueba no sea adecuada como herramienta de diagnóstico específica para identificar el virus SARS-CoV-2.

5. Un error fatal es la falta de un valor Ct en el que una muestra se considera positiva y negativa. Este valor Ct tampoco se encuentra en las aplicaciones posteriores, lo que hace que la prueba no sea adecuada como herramienta de diagnóstico específica para detectar el virus SARS-CoV-2.

6. Los productos de PCR no se han validado a nivel molecular. Este hecho inutiliza el protocolo como herramienta de diagnóstico específica para la detección del virus SARS-CoV-2.

7. La prueba de PCR no contiene un control positivo claro para evaluar su especificidad para el SARS-CoV-2, ni un control negativo para excluir la presencia de otros coronavirus, lo que hace que la prueba sea una herramienta de diagnóstico específica para identificar el SARS-CoV-2. El virus no es adecuado.

8. El diseño de prueba en el documento de Corman-Drosten es tan vago y defectuoso que uno puede ir en docenas de direcciones diferentes; nada está estandarizado y no hay POE. Esto cuestiona fuertemente la validez científica de la prueba y la hace inadecuada como herramienta de diagnóstico específica para identificar el virus SARS-CoV-2.

9. Lo más probable es que el artículo de Corman-Drosten no haya sido revisado por pares, por lo que la prueba no es adecuada como herramienta de diagnóstico específica para identificar el virus SARS-CoV-2.

10. Encontramos graves conflictos de interés en al menos cuatro autores, además de que dos de los autores del artículo de Corman-Drosten (Christian Drosten y Chantal Reusken) son miembros del consejo editorial de Eurosurveillance. Se agregó un conflicto de intereses el 29 de julio de 2020 (Olfert Landt es Director Gerente de TIB-Molbiol; Marco Kaiser es Investigador Senior en GenExpress y se desempeña como asesor científico de TIB-Molbiol), que no se declaró en la versión original (y en PubMed -Aún falta la versión); TIB-Molbiol es la empresa que fue "la primera" en producir kits de PCR (Light Mix) sobre la base del protocolo publicado en el manuscrito de Corman-Drosten y, en sus propias palabras, vendió estos kits de prueba de PCR incluso antes de su publicación [20 ]; Además, Victor Corman & Christian Drosten no mencionaron su segunda afiliación: el laboratorio de pruebas comerciales "Labor Berlin". Ambos son responsables del diagnóstico de virus allí [21] y la empresa está activa en el campo de las pruebas de PCR en tiempo real.

CONCLUSIÓN

La decisión sobre qué protocolos de prueba deben publicarse y hacerse accesibles para todos está en manos de Eurosurveillance. La decisión de reconocer los errores que son evidentes en el estudio de Corman-Drosten tiene la ventaja de que los costos y el sufrimiento de las personas se minimizan en gran medida en el futuro.
¿No le conviene a Eurosurveillance retirar este documento? Nuestra conclusión es clara. Dados todos los tremendos defectos y fallas en el diseño del protocolo de PCR que se describen aquí, llegamos a la conclusión de que, dentro del marco de la integridad y la responsabilidad científicas, no queda mucha elección.

[1] Corman Victor M, Landt Olfert, Kaiser Marco, Molenkamp Richard, Meijer Adam, Chu Daniel KW, Bleicker Tobias, Brünink Sebastian, Schneider Julia, Schmidt Marie Luisa, Mulders Daphne GJC, Haagmans Bart L, van der Veer Bas, van den Brink Sharon, Wijsman Lisa, Goderski Gabriel, Romette Jean-Louis, Ellis Joanna, Zambon Maria, Peiris Malik, Goossens Herman, Reusken Chantal, Koopmans Marion PG, Drosten Christian. Detección del nuevo coronavirus de 2019 (2019-nCoV) mediante RT-PCR en tiempo real. Euro Surveill. 2020; 25 (3): pii = 2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045

[2] Comunicación por correo electrónico entre el Dr. Peter Borger y el Dr. Adam Meijer: Material complementario

[3] Jafaar et al., Correlación entre 3790 reacción cuantitativa en cadena de la polimerasa - muestras positivas y cultivos celulares positivos, incluidos 1941 aislados de coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo. https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1491/5912603

[4] BBC, 21 de enero de 2020: https://www.bbc.com/news/world-asia-china-51185836;
Archivo: https://archive.is/0qRmZ

[5] Google Analytics: muertes por COVID19 en todo el mundo: https://bit.ly/3fndemJ
Archivo: https://archive.is/PpqEE

[6] Pruebas de laboratorio para el Centro Técnico de Respuesta a Emergencias COVID-19, NIVD bajo
China CDC 15 de marzo de 2020: http://www.chinacdc.cn/en/COVID19/202003/P020200323390321297894.pdf

[7] Manual de PCR en tiempo real Tecnologías de vida: https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/Forms/PDF/real-time-pcr-
handbook.pdf Nolan T, Huggett J, Sanchez E. Guía de buenas prácticas para la aplicación de PCR cuantitativa (qPCR) Primera edición 2013

[8] Trestan Pillonel et al, Carta al editor: Detección de SARS-CoV-2 por RT-PCR en tiempo real: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7268274/

[9] Kurkela, Satu y David WG Brown. "Técnicas de diagnóstico molecular". Medicina 38.10
(2009): 535 540-.

[10] Wolfel et al., Evaluación virológica de pacientes hospitalizados con COVID-2019
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2196-x

[11] Herramienta web Thermofischer Primer Dimer: https://www.thermofisher.com/us/en/home/brands/thermo-scientific/molecular-biology/molecular-biology-learning-center/molecular-biology-resource-library /thermo-scientific-web-tools/multiple-primer-analyzer.html

[12] Primer-BLAST, NCBI - Centro Nacional de Información Biotecnológica: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

[13] Marra MA, Steven JMJ, Caroline RA, Robert AH, Angela BW y col. (2003) Ciencia. La secuencia del genoma del coronavirus asociado al SARS. Science 300 (5624): 1399-1404.

[14] Síndrome respiratorio agudo severo aislado de coronavirus 2 Wuhan-Hu-1, genoma completo: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947

[15] Borger P. Se esperaba un coronavirus similar al SARS, pero no se hizo nada para estar preparado. En J Biomed Sci Res 2020. https://biomedgrid.com/pdf/AJBSR.MS.ID.001312.pdf
https://www.researchgate.net/publication/341120750_A_SARS-like_Coronavirus_was_Expected_but_nothing_was_done_to_be_Prepared;  Archivo: https://archive.is/i76Hu

[16] Proceso de evaluación / revisión del documento de Eurosurveillance: https://www.eurosurveillance.org/evaluation

[17] Recomendación oficial del protocolo y manuscrito Corman-Drosten de la OMS, publicado el 13 de enero de 2020 como versión 1.0 del documento: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus -ensayo-
v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf; archive: https://bit.ly/3m3jXVH

[18] Recomendación oficial de la OMS para el protocolo Corman / Drosten RT-qPCR, que se deriva directamente de la publicación de Eurosurveillance, versión de documento 2-1, publicada el
17th January 2020: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/protocol-v2-1.pdf?sfvrsn=a9ef618c_2

[19] Comité editorial de Eurosurveillance, 2020: https://www.eurosurveillance.org/upload/site-assets/imgs/2020-09-Editorial%20Board%20PDF.pdf; Archivo: https://bit.ly/2TqXBjX

[20] Instrucciones de uso LightMix SarbecoV E-gene plus EAV Control, TIB-Molbiol & Roche Molecular Solutions, 11 de enero de 2020: https://www.roche-as.es/lm_pdf/MDx_40-0776_96_Sarbeco-E-gene_V200204_09164154001 (1 ) .pdf
Archivo, marca de tiempo - 11 de enero de 2020: https://archive.is/Vulo5;  Archivo: https://bit.ly/3fm9bXH [21] Christian Drosten y Victor Corman, responsables del diagnóstico viral en Labor Berlin:
https://www.laborberlin.com/fachbereiche/virologie/  Archivo: https://archive.is/CDEUG

[22] Tom Jefferson, Elizabeth Spencer, Jon Brassey, Carl Heneghan Cultivos virales para la evaluación de la infectividad de COVID-19. Revisión sistemática. Revisión sistemática doi: https://doi.org/10.1101/2020.08.04.20167932-XNUMX-XNUMX-XNUMX https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.08.04.20167932v4

[23] Kim et al., The Architecture of SARS-CoV-2 Transcriptome: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420304062

[24] Respuesta del ECDC al Dr. Peter Borger, 18 de noviembre de 2020: Material complementario

[25] Prof. Dr. Ulrike Kämmerer y equipo, encuesta y mesa Primer-BLAST